การปลูกโกโก้ แบ่งได้ 2 ระบบ คือ      

            

                โกโก้เป็นไม้ป่าที่ขึ้นร่วมกับพืชอื่นในป่าแถบลุ่มน้ำอเมซอน การผลิตโกโก้ในอดีตต้องเก็บโกโก้จากป่าเพี่อนำมาแปรรูปโดยไม้มีการบำรุงรักษาโกโก้ จึงให้ผลผลิตต่ำ ต่อมาเมื่อมีความต้องการของผู้บริโภคในเชิงการค้ามากขึ้นจึงมีแนวคิดที่จะปลูกในลักษณะสวนโกโก้ภายใต้ร่มเงาพืชอื่น ข้อควรพิจารณาในการคัดเลือกชนิดของพืชร่มเงา คือ ควรเป็นพืชร่มเงาที่ไม้แย่งอาหารกับต้นโกโก้ที่ปลูก ต้องเป็นพืชที่สามารถตัดออกได้ง่ายถ้าไม้ต้องการ หากยังไม้ตัดออกก็ไม้ทำลายทรงพุ่มโกโก้ให้เสียหาย ไม้ร่มเงาของโกโก้ไม่ควรเป็นแหล่งอาศัยพักพิงของโรค-แมลงศัตรูโกโก้ และหากเป็นไปได้พืชร่มเงาโกโก้ควรทำรายได้ให้เกษตรกรอีกทางหนึ่ง การปลูกภายใต้ร่มเงาสามารถแบ่งได้ 3 ลักษณะ คือ      

               (1) การปลูกโกโก้ภายใต้ร่มเงาของป่าธรรมชาติ การปลูกโกโก้ภายใต้ร่มเงาของป่าธรรมชาติ พบทั่วไปในประเทศแถบอาฟริกาตะวันตก แต่วิธีการปลูกจะแปรผันตามสภาพดิน สภาพภูมิอากาศ และตามระยะทางจากแหล่งผลิตไปยังตลาดรับซื้อ      

               (2) การปลูกโกโก้ร่วมกับพืชร่มเงาอายุสั้น ซึ่งพืชให้ร่มเงาเป็นพืชอายุสั้นเพียง 1-2 ปี เช่น กล้วยมะละกอ ทำหน้าที่เป็นร่มเงาโกโก้ในช่วงที่ต้นเล็ก เมื่อโกโก้เจริญเติบโตตั้งตัวได้จึงตัดพืชร่มเงาออก      

               (3) การปลูกโกโก้ร่วมกับพืชร่มเงาอายุยืน เป็นการปลูกโกโก้ร่วมกับพืชให้ร่มเงาที่มีอายุหลายปี เช่น มะพร้าว แคฝรั่ง สะตอ กระถิน ทองหลาง เป็นต้น ทำหน้าที่เป็นร่มเงาถาวรให้ต้นโกโก้ทั้งในช่วงที่โกโก้ยังเล็กและช่วงที่โกโก้เจริญเติบโตเต็มที่ ในแต่ละประเทศจะปลูกพืชร่มเงาแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับสภาพทางภูมิศาสตร์ที่เหมาะสมและขึ้นกับชนิดพืชที่มีอยู่และหาได้สะดวกในท้องถิ่นนั้น ๆ พืชที่ให้ร่มเงาได้เหมาะสมสำหรับโกโก้ คือ มะพร้าว เนื่องจากมะพร้าวเป็นพืชซึ่งให้ร่มเงาไม่ทึบ แสงแดดสามารถส่องผ่านใบมะพร้าวได้เกิน 50 เปอร์เซ็นต์ จึงสามารถปลูกโกโก้แซมในสวนมะพร้าวได้นานหลายปีโดยไม่ต้องตัดมะพร้าวออกเหมือนพืชอื่น ๆ การปลูกโกโก้ในสวนมะพร้าวควรดำเนินการในพื้นที่ที่สภาพดินเหมาะสมที่จะปลูกโกโก้เท่านั้น การปลูกมะพร้าว ใช้ระยะ 8-9 เมตร จะปลูกโกโก้ได้ 2 แถว ระยะปลูก 3 x 3 เมตร จะได้โกโก้ประมาณ 166 ต้น/ไร้ ต้นมะพร้าวควรมีอายุตั้งแต่ 10 ปีขึ้นไป เพราะจะสูงโปร่ง แสงผ่านได้เหมาะสม ก่อนการปลูกโกโก้ควรมีการกลับดินด้วยการไถเพื่อลดวัชพืชและตัดรากมะพร้าว การปลูกโกโก้ในสวนยางพาราและสวนปาล์มน้ำมันมักไม่ประสบผลสำเร็จเพราะระยะปลูกปกติของพืชทั้งสองชนิดนี้จะให้ร่มเงาทึบเกินไปทำให้โกโก้เติบโตทางด้านต้นและใบแต่จะไม่ให้ผลผลิตเพียงพอในเชิงพาณิชย์ แต่ก็มีความเป็นไปได้ในบางกรณี เช่น ที่ตำบลมาทาสี ในประเทศศรีลังกา ปลูกโกโก้ในสวนยางพาราต้นแก่อายุมาก ซึ่งในพื้นที่นี้ต้นยางพาราไม่เหมาะที่จะปลูกเพราะมีโรคใบไหม้ต้นยางพาราที่อายุมากจะถูกตัดเหลือเพียง 25 ต้น/ไร่ และปลูกโกโก้โดยใช้ระยะปลูก 4.5 x 3 เมตร ในกรณีเช่นนี้โกโก้สามารถเจริญเติบโตและให้ผลผลิตได้แต่การปลูกโกโก้แซมยางพารา นั้นมีความเป็นไปได้สูงที่จะเกิดโรครากเน่า โรคฝักเน่า ของพืชทั้งสองชนิด เพราะยางพาราและโกโก้มีโรคซึ่งเกิดจากเชื้อเดียวกัน คือ เชื้อไฟทอปธอรา (Phytophthora spp.)      

             การปลูกโกโก้ภายใต้ร่มเงานั้นพบว่าปริมาณความต้องการร่มเงาและธาตุอาหารของโกโก้นั้นมีความสัมพันธกับพืชที่ให้ร่มเงาแก่โกโก้ใน 2 กรณี คือ      

                1. ปริมาณร่มเงาที่เหมาะสมที่สุดในการเจริญเติบโตของโกโก้มีปริมาณเท่าใด     

                2. ปุ๋ยเคมีชนิดใด ปริมาณเท่าไรที่จำเป็นสำหรับการเพิ่มผลผลิตให้กับโกโก้      

 

             ปัจจัยทั้งสองนี้มีความสัมพันธ์กัน โดยไม่สามารถพิจารณาแยกออกจากกันได้โดยปัจจัยที่ส่งผลต่อการเจริญเติบโตของโกโก้หลายปัจจัยไม่ว่าจะเป็นสภาพภูมิอากาศ ดิน น้ำ อุณหภูมิก็มีผลต่อการเจริญเติบโตของโกโก้ทั้งนั้น จากการวิจัยเรื่องพืชร่มเงาโกโก้ที่ประเทศอาฟริกาตะวันตก พบว่าไม้ป่าจะให้ใบไม่ประมาณ 5000 กก./ไร่/ปี ประกอบด้วยแร่ธาตุต่างๆ คือ ไนโตรเจน 79 กิโลกรัม ฟอสฟอรัส 4.5 กิโลกรัม และรากผุของพืชร่มเงาเหล่านี้จะทำให้อากาศระบายผ่านเข้าไปในดินที่อัดแน่นกันอยู่ได้ (Adams and McKelvie, 1955) ผลของพืชร่มเงาทางด้านเศรษฐกิจที่สำคัญ คือ สามารถควบคุมวัชพืช พืชร่มเงาที่กล่าวข้างต้นสามารถลดการเจริญเติบโตของวัชพืชโดยเฉพาะพวกหญ้าและยังช่วยให้พุ่มโกโก้ไม่มาชนกันเร็วเกินไป จึงลดค่าใช้จ่ายในการกำจัดวัชพืชและค่าใช้จ่ายในการตัดแต่งกิ่งโกโก้ได้สำหรับโกโก้ต้นเล็ก หรือเริ่มปลูกใหม่ พืชร่มเงาเป็นสิ่งจำเป็นแต่ต้องมีการปรับเปลี่ยนสภาพร่มเงาหลังจากปลูกโกโก้แล้ว 2-3 ปี เพื่อให้ร่มเงาโปร่ง แสงแดดส่องผ่านได้มาก โดยตัดแต่งกิ่งของพืชร่มเงาออก

 

            2. การปลูกแบบพืชเดี่ยว

                การปลูกโกโก้แบบพืชเดี่ยว เป็นการปลูกแบบกลางแจ้ง ต้องมีการทำร่มเงาชั่วคราวให้กับต้นกล้าโกโก้ในช่วงปีแรก เมื่อโกโก้อายุ 2 ปีขึ้นไปจะมีทรงพุ่มใหญ่และสามารถเป็นร่มเงาให้ต้นโกโก้ที่อยู่ใกล้เคียงกันได้ การปลูกแบบนี้ หากใช้ระยะปลูก 3 x 3 เมตร จะได้จำนวนต้นประมาณ 177 ต้น/ไร่ หรือที่ระยะปลูก 4 x 4 เมตร จะได้ 100 ต้น/ไร่ ข้อดีของการปลูกแบบพืชเดี่ยว คือ ได้จำนวนต้นต่อพื้นที่มากและโกโก้จะให้ผลผลิตมากกว่าการปลูกภายใต้ร่มเงาประมาณ 2-3 เท่า แต่มีข้อควรระวัง คือ ในช่วงแรกที่ปลูกต้องทำร่มเงาชั่วคราวให้ต้นโกโก้ การให้น้ำและปุ๋ยเพิ่มขึ้นโดยเฉพาะในช่วงฤดูแล้ง ควรระวังใบโกโก้ไหม้เนื่องจากแดดจัดซึ่งอาจทำให้โกโก้ตายได้ นอกจากนี้หากมีการตัดแต่งกิ่งไม้ดีอาจทำให้กิ่ง ลำต้น หรือผลโกโก้ถูกแดดเผาทำลายเสียหายได้

 

           โกโก้สามารถขยายพันธุ์ได้ 2 แบบ คือ การขยายพันธุ์แบบอาศัยเพศโดยการเพาะเมล็ด และการขยายพันธุ์แบบไม่อาศัยเพศโดยใช้ส่วนต่าง ๆ ของต้น เช่น การชำ การติดตา การเสียบยอด การตอน แต่วิธีที่นิยมปฏิบัติ คือ การเพาะด้วยเมล็ด                 

            1. การขยายพันธุ์ด้วยเมล็ด      

               การปลูกโกโก้มักปลูกโดยใช้เมล็ดมาเพาะเป็นต้นกล้า แต่เนื่องจากโกโก้เป็นพืชที่มีการกลายพันธุ์ง่ายหากปลูกด้วยเมล็ดเพื่อทำพันธุ์ต้องแน่ใจว่าเมล็ดที่นำมาเพาะเป็นเมล็ดลูกผสมชั่วที่ 1 เมล็ดที่จะใช้เพาะควรนำลงเพาะทันทีหลังจากเอาเมล็ดออกจากฝัก ขัดถูเมล็ดกับทรายหรือนำเมล็ดมาใส่ในถุงตาข่ายไนลอนแล้วนำไปล้างเมือกหุ้มเมล็ดออกให้หมดและทำการลอยน้ำเพื่อคัดเอาเมล็ดที่เสียออก จากนั้นนำลงเพาะในถุงพลาสติกสีดำ ขนาดเส้นผ่าศูนย์กลางประมาณ 25 เซนติเมตร สูงประมาณ 30 เซนติเมตร โดยให้เมล็ดอยู่ลึกจากผิวดินประมาณ 2-3 เซนติเมตร วางเมล็ดในแนวนอนโดยวางทางด้านกว้างหรือด้านแบนของเมล็ดก็ได้จะให้ผลไม่แตกต่างกัน ถุงเพาะกล้าแต่ละถุงจะใส่เมล็ด 1 เมล็ด เมล็ดโกโก้มีอัตราการงอก 95-99 เปอร์เซ็นต์ โดยจะงอกภายใน 2 สัปดาห์หลังจากเพาะ ดินที่ใช้เพาะเมล็ดควรมีส่วนผสมของดินร่วน 3 ส่วน ปุ๋ยคอก 2 ส่วน และปุ๋ยซุปเปอร์ฟอสเฟต 1 ส่วน เพื่อเร่งอัตราการเติบโตของราก ผสมคลุกเคล้าวัสดุปลูกให้เข้ากันแล้วนำไปบรรจุในถุงพลาสติกให้เต็มพอดีหรืออาจจะใช้หน้าดินที่มีความสมบูรณ์พอประมาณเพียงอย่างเดียวเพาะกล้าโกโก้ได้เช่นกัน ในกรณีที่ไม่สามารถหาวัสดุอื่นมาผสมได้

 

             2. การขยายพันธุ์แบบไม่ใช้เพศ          

                 (1) การปักชำ          

                      ควรเลือกกิ่งที่เริ่มเปลี่ยนสีจากสีเขียวเป็นสีน้ำตาล โดยตัดจากกิ่งแขนงที่มีลักษณะการเติบโตเอียงไปข้างบนเล็กน้อย โดยต้นที่นำมาชำนี้ยังสามารถรักษาสภาพการเติบโตของทรงต้นในระดับต่ำอยู่ได้เช่นเดิมและสามารถผลิใบได้เร็ว แต่ต้นโกโก้ที่โตจากกิ่งข้างจะไม่มีการสร้างรากแก้วและการเติบโตของต้นจะมีลักษณะเป็นพุ่มใหญ่ พุ่มโกโก้จากกิ่งข้างเหล่านี้บางครั้งสามารถเติบโตขึ้นไปสูงเกือบเท่าต้นโกโก้ที่ปลูกจากเมล็ดหรือจากกิ่งกระโดงได้เหมือนกัน แต่ต้นที่เกิดจากกิ่งปักชำจำเป็นต้องมีการตัดแต่งลำต้นให้เหมาะสมกับการเก็บเกี่ยวบ่อยครั้งกว่าต้นที่เกิดจากเมล็ดหรือกิ่งกระโดง การปลูกด้วยกิ่งชำนั้นส่วนใหญ่จะใช้ได้ดีกับพันธุ์ดีที่มีการผสมตัวเองได้ดีเท่านั้น สำหรับพันธุ์ที่มีความเป็นหมันสูง เช่น พวกฟอรัสเทอร์โร ถึงแม้ว่าจะมียีนส์ที่มีความต้านทานดีและมีการเจริญเติบโตแข็งแรงต้านทานโรคได้ดีแต่ เปอร์เซ็นต์ความเป็นหมันสูง ดังนั้นการใช้กิ่งชำสำหรับพันธุ์นี้จึงต้องปลูกพันธุ์อื่นที่มีการผสมข้ามดีกว่าปนเข้าไปด้วยเพื่อให้การผสมพันธุ์ดีขึ้น การขยายพันธุ์โดยการปักชำมีวิธีการ คือ ตัดกิ่งโกโก้ที่ต้องการยาวประมาณ 15-20 เซนติเมตร หากประสงค์จะเร่งรากควรจุ่มกิ่งชำในสารละลายฮอร์โมนซึ่งประกอบด้วย NAA 3 กรัม, IBA 3 กรัม ในสารละลายแอลกอฮอล์ความเข้มข้น 50เปอร์เซ็นต์ จำนวน 100 ซีซี จากนั้นจึงนำไปชำในถุงเพาะชำที่ประกอบด้วยดินแดง 5 ส่วน          

                     - ขุยมะพร้าว 4 ส่วน          

                     - มูลวัว 3 ส่วน          

                     - ปุ๋ยหมัก 1 ส่วน          

                     นำถุงเพาะชำไปไว้ในที่ร่มแสงรำไรคลุมด้วยพลาสติกควบคุมความชื้นแสงผ่านประมาณ 15 เปอร์เซ็นต์ รดน้ำสม่ำเสมอประมาณวันละ 1-3 ครั้ง จนโกโก้แตกใบและมีรากเจริญเต็มถุงจึงเพิ่มแสงแดดให้มากขึ้นเรื่อย ๆ แล้วจึงย้ายลงปลูกในแปลง (Wood, 1980)            

                 (2) การติดตา การเสียบกิ่ง และการตอน          

                      การขยายพันธุ์โกโก้โดยวิธีอื่น เช่น การติดตา การเสียบกิ่ง และการตอน การขยายพันธุ์โดยการติดตาได้ผลดีกว่าการตัดชำ ทั้งนี้อาจเนื่องจากระบบรากที่แข็งแรงมีรากแก้ว นอกจากนี้ชิ้นส่วนของตาพันธุ์ดีสามารถขนส่งไปได้ระยะทางไกล ๆ และยังหาชิ้นส่วนตาได้ง่าย มีปริมาณมาก ในการปฏิบัติยังเสียต้นทุนค่าใช้จ่ายต่ำกว่าการตัดชำ แต่มีข้อเสีย คือ การปฏิบัติต้องใช้ความชำนาญ การขยายพันธุ์โกโก้ด้วยวิธีติดตา เสียบยอดให้ได้จำนวนต้นปริมาณมากยังทำได้จำกัด และตาพันธุ์ดีจะต้องนำมาจากต้นโกโก้ในช่วงระยะใบร่วงหล่น (ทิ้งใบ) หรือทำการบ่มตาโดยการตัดใบบริเวณที่จะใช้ตาออกให้หมดก่อนจะนำตาไปติดประมาณ 3-4 วัน ตาที่ได้จากกิ่งกระโดงจะเติบโตเพื่อผลิตกิ่งกระโดง ตาที่เกิดจากกิ่งข้างจะผลิตกิ่งข้าง โดยปกติตาจะใช้ทันทีหลังจากตัดออกจากต้นโกโก้พันธุ์ดี แต่ถ้าจำเป็นต้องเก็บตาไว้ก่อนอาจเก็บได้ประมาณ 1 สัปดาห์ ต้องเก็บไว้ในที่ชื้นและมีอุณหภูมิเย็น เช่น ไว้ในตู้เย็น หรืออาจเก็บไว้ในทรายหรือขี้เลื่อยที่พรมน้ำให้ชื้นก็ได้ วีธีการขยายพันธุ์โดยการติดตาโกโก้มีหลายแบบ เช่น การติดตาแบบแพท (Patch-Budding) แบบตัวยู (U-Budding) แบบตัวที (T-Budding) แบบโล่ (Shield-Budding) โดยเลือกตาจากปลายยอดกิ่งข้างมาประมาณ 4 เซนติเมตร ตาพันธุ์ดีที่ตัดต้องมีขนาดพอดีกับขนาดต้นตอที่จะไปติด เช่น ต้นตอขนาดเล็กก็จะต้องเฉือนตาให้เล็กประกบกันได้พอดี แล้วใช้พลาสติกพันให้แน่นป้องกันน้ำเข้าและเพื่อไม่ให้ความชื้นจากตาพันธุ์ดีสูญหายทำให้ตาแห้งตายได้ ตาอาจจะพักตัวนาน สามารถแก้ไขโดยบากด้านบนเหนือบริเวณที่ติดตาขึ้นไปประมาณ 8 มิลลิเมตรจะช่วยให้ตาแตกเร็วขึ้น กรณีสวนโกโก้เก่าต้องการปลูกใหม่โดยใช้พันธุ์เดิมจะสามารถขยายพันธุ์โดยวิธการตอนโดยลอกเปลือกออกกว้าง 7.5 เซนติเมตรแล้วหุ่มด้วยขุยมะพร้าวหรือขี้เลื่อยใช้พลาสติกตัดเป์นแผ่นสี่เหลี่ยมหุ้มป้องกันความชื้นระเหยอีกทีหนึ่ง แล้วใช้เชือกผูกหัวท้ายให้แน่น

 

             การหมักโกโก้เป็นขั้นตอนที่จำเป็นสำหรับการสร้างสารตั้งต้นของสารให้กลิ่นรสช็อกโกแลต ถึงแม้ว่ากลิ่นรสช็อกโกแลตจะพัฒนาขึ้นเมื่อนำเมล็ดโกโก้ไปตากแห้งก็ตาม การหมักยังช่วยป้องกันการย่อยสลายไขมันโกโก้อีกด้วย เนื่องจากเป็นกระบวนการที่ยับยั้งการเจริญเติบโตของต้นอ่อนและทำให้เมล็ดโกโก้ตาย โดยมีขั้นตอนในการหมัก ดังนี้      

             1. หลังจากเก็บผลโกโก้มาแล้วอาจจะทำการรวมกองไว้อย่างน้อย 3-7 วัน เพื่อให้ได้ปริมาณผลโกโก้มากพอและช่วยลดปริมาณน้ำในผล ในกรณีที่รวบรวมผลโกโก้มากพอ สามารถหมักได้เลย โดยใช้ไม้ทุบผลโกโก้หรือใช้มีดผ่าผล แกะเมล็ดดึงไส้ที่ติดกับเมล็ดออก นำเมล็ดไปผึ่งแดดนาน 3-4 ชั่วโมง ก่อนนำลงหมักในภาชนะหมัก การนำเมล็ดโกโก้มาผึ่งแดดสามารถช่วยลดความเป็นกรดของเมล็ดลงได้ ทั้งยังช่วยลดปริมาณเยื่อหุ้มเมล็ด และน้ำตาลในเยื่อหุ้มเมล็ดลง เมื่อนำเมล็ดโกโก้ไปหมักทำให้กองหมักมีอุณหภูมิเพิ่มขึ้นเร็วกว่าปกติ ทั้งยังช่วยลดปริมาณกรดอะซีติก ทำให้เมล็ดโกโก้มีความเป็นกรดลดลง (Biehl et al., 1990)      

             2. ภาชนะหมัก ถ้าเป็นภาชนะที่ทำจากไม้ควรเป็นไม้เนื้อแข็ง ไม่มีกลิ่น ไม่มียาง ต้องมีช่องระบายของเหลวที่เกิดจากการสลายตัวของเยื่อหุ้มเมล็ดขณะหมัก และไม่ควรใช้ภาชนะโลหะในการหมัก เนื่องจากเยื่อหุ้มเมล็ดของโกโก้สดมีความเป็นกรดซึ่งจะทำปฏิกิริยากับโลหะและละลายออกมาปนกับเมล็ดโกโก้ ทำให้เมล็ดโกโก้มีกลิ่นและรสชาติที่ไม่ดี      

             3. ปริมาณโกโก้ที่หมัก ไม่ควรน้อยกว่า 40 กิโลกรัม หากเป็นเข่งขนาดใหญ่ หรือเข่งผลไม้ ควรใช้เมล็ดโกโก้สดประมาณ 60-80 กิโลกรัม      

             4. ด้านบนภาชนะหมักต้องทำเป็นฉนวนหุ้มหรือใช้กระสอบปิดทับหลายชั้นเพื่อป้องกันการสูญเสียความร้อนขณะหมัก      

             5. อุณหภูมิในระหว่างการหมักจะขึ้นสูงจนเกือบถึง 50 องศาเซลเซียส ภายใน 2 วันแรก ถ้ามีการเก็บฝักโกโก้ไว้อย่างน้อย 3-7 วัน หรือตากเมล็ดโกโก้นาน 3-4 ชั่วโมงก่อนการหมัก เพื่อลดความชื้นของเมล็ด กลิ่นและรสของเมล็ดจะเริ่มเกิดขึ้นเมื่ออุณหภูมิอยู่ระหว่าง 48-50 องศาเซลเซียส และต้องรักษาอุณหภูมิระดับนี้นาน 72 ชั่วโมง      

             6. ทำการกลับเมล็ดโกโก้ในภาชนะหมัก โดยการกลับกองหมักเป็นวิธีการทำใหhเมล็ดโกโก้สัมผัสกับอากาศ และช่วยให้อากาศแพร่เข้าสู่ภายในกองหมักได้ดีขึ้น นอกจากนั้นยังทำให้กองหมักมีการผสมเป็นเนื้อเดียวกัน ป้องกันการจับกันเป็นก้อนของเมล็ดโกโก้และป้องกันการเกิดเชื้อราบริเวณผิวหรือมุมอับของกองหมัก ช่วงเวลาในการกลับกองหมักนั้นแตกต่างกันไป อาจเป็นการกลับกองหมักทุก 2 วัน หรือ กลับเฉพาะ 3 วันแรกเท่านั้น หลังจากนั้นปล่อยหมักไว้ในภาชนะจนครบ 6 วัน ขึ้นกับสูตรการหมักของผู้ประกอบการ

             การหมักโก้จะให้ผลดีต้องมีปริมาณเมล็ดโกโก้สดค่อนข้างมาก แต่เนื่องจากเกษตรกรชาวสวนโกโก้ในประเทศไทย ส่วนใหญ่เป็นเกษตรกรรายย่อย ปัญหาในการหมักที่พบ คือ ปริมาณเมล็ดโกโกน้อยทำให้ความร้อนในการหมักไม่สูงนัก ดังนั้นการกลับกองน้อยครั้งและการทำฉนวนหุ้มเพื่อลดการสูญเสียความร้อนจึงจำเป็นอย่างมาก

 

            การตากเมล็ดโกโก้จะเริ่มเมื่อสิ้นสุดขบวนการหมัก ในวันที่ 6 เมล็ดโกโก้จะมีความชื้นประมาณ 55 เปอร์เซ็นต์ หลังจากนั้นต้องทำให้เมล็ดโกโก้แห้ง มีความชื้นประมาณ 6-7 เปอร์เซ็นต์ ซึ่งเป็นจุดที่ปลอดภัยในการเก็บรักษา ระยะเวลาในการทำให้เมล็ดโกโก้แห้ง จะมีผลต่อรสชาติและคุณภาพของเมล็ดโกโก้แห้งหากเมล็ดโกโก้แห้งช้าอาจเกิดเชื้อราแทรกเข้าในเมล็ด ทำให้รสชาติโกโก้ที่ไม่ดี (off flavour) และในทางตรงกันข้ามหากอัตราการทำแห้งเร็วเกินไปจะลดการเกิดขบวนการออกซิเดชัน (Oxidation) ของเมล็ดส่งผลให้เมล็ดโกโก้มีสีน้ำตาลน้อยและเกิดกรดมากเกินไป การทำให้เมล็ดโกโก้แห้ง แบ่งได้เป็น      

            1. การตากแดด (Sun drying) เหมาะสำหรับประเทศที่มีการเก็บเกี่ยวโกโก้ในฤดูแล้ง การตากเมล็ดอาจตากบนตาข่ายไนลอนสีฟ้าบนลานซีเมนต์ หรือตากบนแคร่ไม่ซึ่งยกสูงจากพื้น และทำหลังคาเลื่อนปิด เปิด ช่วงเวลาเช้าเย็น การตากแห้งโดยวิธีนี้ ใช้เวลานานประมาณ 1 สัปดาห์ ถ้าอากาศไม่ดีจะใช้เวลาถึง 3 สัปดาห์ ถ้ามีการตากนานเกินไปจะทำให้เกิดเชื้อราบนผิวของเมล็ดโกโก้ซึ่งจะแทรกเข้าภายในเมล็ดในเวลาต่อมา ปัจจุบันมีการพัฒนาให้มีการใช้เตาอบพลังแสงอาทิตย์และเตาอบพลังานแสงอาทิตย์กับลมร้อนซึ่งสามารถลดระยะเวลาการทำเมล็ดโกโก้แห้งและทำให้คุณภาพเมล็ดดีกว่า โดยพบว่าเมล็ดโกโก้ที่ได้จากการตากแดดจะมีปริมาณกรดน้อยกว่าเมล็ดที่ได้จากการอบโดยใช้ความร้อน

            2. การอบแห้ง (Artificial drying) นิยมทำในกลุ่มผู้ปลูกรายใหญ่ และต้องเก็บเกี่ยวโกโก้ฤดูฝนซึ่งมีฝนตกชุกและทำการตากแดดได้ยาก จึงใช้เตาอบเพื่ออบเมล็ดโกโก้ให้แห้ง ชนิดเตาอบที่ใช้มีหลายแบบแต่ที่นิยมใช้มี 2 แบบ ได้แก่          

               (1) เตาอบชนิดไม่ใช้พัดลม (Natural convection dryer) ได้แก่ เตาอบแบบซามัว เป็นเตาอบที่ใช้ระบบส่งผ่านความร้อนโดยด้านล่างของเตาสร้างด้วยท่อเหล็กสำหรับใส้เชื้อเพลิงและมีปล่องระบายควันทางด้านหลัง ด้านบนของเตาจะมีถาดอบทำด้วยโลหะไม่เป็นสนิม ซึ่งสามารถรับความร้อนที่ส่งผ่านจากท่อเหล็กด้านล่างได้สูง เตาอบชนิดนี้ใช้เวลาในการอบแห้งประมาณ 2 วัน ที่อุณหภูมิ 60-80 องศาเซลเซียส การอบแห้งช้าหรือเร็วขึ้นอยู่กับความหนาของเมล็ดโกโก้ในถาดอบด้วย (ปิยนุช และคณะ, 2532)          

               (2) เตาอบชนิดใช้พัดลม (Forced convection dryer) จะใช้พัดลมเป็นตัวเป่าลมร้อนผ่านเมล็ดโกโก้ ซึ่งมีประสิทธิภาพกว่าแบบซามัว เนื่องจากมีพัดลมเป่าลมร้อนเข้าสู่ถาดได้ทั่วถึง เตาอบชนิดนี้ใช้เวลาในการอบแห้ง ประมาณ 1- 3 วัน